1階：資料・研究室と事務室
玄関を入ると、右手に受付と資料・研究室があります。受付には関連資料や書籍などがそろっていますので、気軽に声をかけてください。
右奥の資料・研究室には、「東京大空襲を記録する会」が1970年から収集してきた空襲・戦災に関する文献をはじめ、約5000冊の各種資料が収蔵されています。持ち出しはできませんが、来館中なら閲覧することもできます。
2階：会議室
階段を上がると、2階は会議室になっています。約40名が座れますので、大空襲当時の体験者の話を聞いたり、映像作品や記録を鑑賞したり、学校やサークルなどの学習の場としても活用いただけます。焼夷弾でえぐられた古いピアノが、無言で悲惨さを物語ります。
3階：資料・展示保管室
さらに階段を上がると、高い天井とスカイライト採光で明るい、3階の資料・展示保管室になります。写真や地図をはじめ、防空頭巾や防毒マスク、溶けたガラス盃、焼夷弾など、当センターが収集してきた資料が各テーマに沿って並べられ、訪れる人たちに無言で語りかけます。2004年3月から、子どもと戦災をテーマにした、新しい資料展示も加わりました。
塔屋：登楼
最上部の塔屋に昇ると、いまはすっかり建物に囲まれていますが、かつて焦土と化した地を垣間見ることができます。わずかに見える水辺の木々が、猛火の渦巻いた運河を偲ばせます。